整个地下基地的结构非常的复杂，但是在艾丽丝的规划下却又非常简单，它主要有三个部分。
第一个，就是作为基地基本活动区域的可活动部分。
可活动部分，顾名思义，就是生物可以自由活动的区域，无论是人类还是作为实验目标的实验体以及巨兽，都在可活动部分之中。而在可活动部分中，又被自由划分为试验区、隔离区、模拟区、休眠区、样本区、发电区等等，是每一层的主要空间。
第二个，是纳米结构部分。
纳米结构部分，是组成整个地下基地的主体部分，根据需要，它能够连同地下的线路自由并完美的组合改变，每一层的变化完全不会影响到第二层的稳定，自由度非常的高，在必要时刻，甚至还能互相组合，在保证基地运转的情况下，将整个基地合成一个几乎没有活动区存在的实心心状态！
第三个部分，则是网络部分。
人工智能网络是整个基地的灵魂所在，整个基地在超级人工智能的辅助下终日运转，并且能够根据需要，自由调度计算资源以获取更大的计算量，让整个基地时刻保持在高速的运转和研究状态，若是没有它，整个地下基地的系统几乎能瘫痪一半！
并且在整个系统的设计中，人工智能是完全被物理隔离并且独立于电力系统存在的，也就是说，无论个人权限再高，都无法越过人工智能的判断并以任何方式停止它！
停电、物理破坏，都无法对人工智能系统造成丝毫的影响！
而有权利授权一个人是否可以进入基地的，只有艾丽丝一个人！
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